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来源:http://www.xiapitang.cn  日期:2022-03-24

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撰文 | Qi

有丝分裂期间的染色体和间期的染色质在外观和组成上显着不同,但目前关于间期染色质结构如何被拆卸以及染色质蛋白质组如何在有丝分裂染色体形成过程中被重塑的情况知之甚少。已知有丝分裂的进入是由激酶/,核之间穿梭的激活和抑制因子,比如中心体上CDK1-cyclin B1激活和随后的CDK1-cyclin A2依赖性的cyclin B1迁移到细胞核中【1, 2】。CDK1对于有丝分裂进入至关重要,利用它的进化保守性,构建了一个鸡DT40 细胞亚系,其细胞周期由非洲爪蟾 CDK1as 驱动。非洲爪蟾 CDK1F80G对1NM-PP1(蛋白激酶抑制剂)敏感,并保留足够的活性来驱动培养细胞的生长。1NM-PP1处理可以引起这些 DT40 细胞在 G2 晚期积累,在抑制剂清除后的几分钟内则进入有丝分裂【3, 4】。DT40 CDK1as细胞的这种可控特性,使得研究有丝分裂早期事件变得可行。

2022年1月27,来自英国爱丁堡大学的William C. Earnshaw团队和Georg Kustatscher团队在Molecular Cell杂志上合作发表了文章 Mapping the invisible chromatin transactions of prophase chromosome remodeling ,研究人员结合化学遗传学、染色质蛋白质组学和成像技术绘制了脊椎动物细胞进入有丝分裂早期的蛋白质-DNA相互作用图谱,染色质组成发生有序变化,例如rRNA 加工、核仁应激蛋白和核膜/孔蛋白首先离开染色质,而核纤层蛋白B1离开相对较晚。总之,在可见的有丝分裂前期开始的生物学标志——染色体凝聚发生之前,该研究定义了一系列不可见的染色质重塑事件。

为了了解有丝分裂前期发生的染色质蛋白质组动力学,研究人员通过一种可获得高度同步进入有丝分裂前期的的鸡DT40细胞群的化学遗传系统(图1)。简而言之,就是细胞周期由非洲爪蟾CDK1as驱动的鸡DT40培养物在G2晚期被1NM-PP1阻滞,将1NM-PP1冲洗并离心后,激活激酶从而触发快速有丝分裂进入。接下来,依次通过ChEP(chromatin enrichment for proteomics)、混品与轻 G2/M 阻滞参考样品,以及LC-MS/MS来定量蛋白组变化。

图1. 研究有丝分裂前期染色质蛋白组学的工作流程示意图。

改变核膜屏障功能是影响有丝分裂过程中染色质组成的关键因素,作者式的蛋白分布。通过3xGFP NLS(核定位信号)泄漏到细胞质中来检测核质混合,在5纤层的细胞中,大于20B1和3xGFP-NLS的弥散混合,因而可以推断核膜屏障功能的丧失是有丝分裂前期发生的早期事件(图2)。

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图2. 核膜屏障功能的丧失是有丝分裂前期发生的早期事件。

2592种蛋白,在进入有丝分裂期间,染色质中超过1300个蛋白消失,超过500个蛋白得以积累,而超过700个蛋白仅发生微小变化。为了捕捉有丝分裂进入过程中染色质蛋白质组重塑的变化趋势,作者通过k-means聚类对蛋白质进行分组,181至744个不等数量蛋白质的6个簇,其中,181种蛋白的染色质结合在有丝分裂进入后立即显着下降,其他仅在10分钟后下降且程度较小,在15分钟后6组蛋白均未显示出进一步显着变化。

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也就是说,随着细胞进入有丝分裂前期,蛋白质以连续波的形式从染色质中脱离。需要注意的是,每一组都显着富集一组特定的GO,比如核糖体生物发生因子在早期从染色质上迅速分离,NUP53是内核孔环的CDK1底物,也是最早远离染色质的蛋白质之一,紧随其后的是一组4个核孔蛋白和4个核内膜蛋白。从核膜释放染色质对于有丝分裂染色体的形成和分离至关重要,作者观察到核纤层蛋白B受体 (LBR) 也很早就离开有丝分裂染色质。出乎意料的是,A型和B型核纤层蛋白构成了最后一个离开染色质的间期染色质相关蛋白亚群之一。

除了上述脱离染色质的蛋白外,作者在这篇文章中还提到了包括微管结合NDC80 复合物、有丝分裂检查点复合物等在染色质上的逐步累积,以及包括RNAPII、RNAPIII、condensin I和II等蛋白在内的行为特征。

总的来说,这项研究通过基于类似于ChIP中使用的交联技术的蛋白组学方法,绘制了伴随核解体和有丝分裂染色体形成过程中染色质上的蛋白组变化。通过化学遗传学手段获得几乎完全同步的细胞,从而分析有丝分裂前期的早期事件,即在可见的染色体凝聚之前,存在大量蛋白从染色质上连续释放的染色质重塑事件。

制版人:十一

参考文献

1. Hagting, A., Jackman, M., Simpson, K., and Pines, J. (1999). Translocation of cyclin B1 to the nucleus at prophase requires a phosphorylation-dependent nuclear import signal. Curr. Biol. 9, 680–689.

2. Jackman, M., Lindon, C., Nigg, , and Pines, J. (2003). Active cyclin B1- Cdk1 first appears on centrosomes in prophase. Nat. Cell Biol. 5, 143–148.

3. Gibcus, , Samejima, K., Goloborodko, A., Samejima, I., Naumova, N., Nuebler, J., Kanemaki, , Xie, L., Paulson, , Earnshaw, , et al. (2018). A pathway for mitotic chromosome formation. Science 359, eaao6135.

4. Samejima, I., and Earnshaw, (2018). Isolation of mitotic chromosomes from vertebrate cells and characterization of their proteome by mass spectrometry. Methods Cell Biol. 144, 329–348.

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